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技術文章 / article
【連載-企業參考品】 神經膠質瘤的診斷參考品的選擇
原載自:www.xrpalvh.cn[技術資料頻道] 2020-07-03 瀏覽次數:1972
科佰生物作為一家提供企業核酸診斷標準品的企業,在該領域已經深耕多年,與全國該領域90%的企業都有過合作,成功支持過很多企業的試劑盒研發和獲批,在該領域有豐富的經驗。根據我們對市場的調研,對客戶需求的理解,我們把我們的產品線劃分為多個模塊,主要為支持PCR的單點Mutation、Fusion和CNV產品,支持NGS的小panel和大panel(泛腫瘤、包含TMB和MSI)產品,支持IHC和FISH的FFPE block產品,支持標準品定標的dPCR檢測試劑盒產品等。
接下來的幾期,我們陸續會針對不同的腫瘤,遵循NCCN指南的標注,為大家分享我們對企業參考品選擇的看法。
中樞神經系統腫瘤中85%生長于顱內;15%生長于椎管內。顱內腫瘤以膠質瘤多(占42%),椎管內腫瘤以神經鞘膜瘤多(占48%);腦膜瘤次之(占15~18%),垂體腺瘤、先天性腫瘤、血管性腫瘤及其他腫瘤均在10%以下。
神經膠質瘤簡稱膠質瘤,也稱為膠質細胞瘤,是常見的原發性中樞神經系統腫瘤,約占所有顱內原發腫瘤的一半,廣義是指所有神經上皮來源的腫瘤,狹義是指源于各類膠質細胞的腫瘤。
根據CBTRUS統計,惡性膠質瘤約占原發性惡性腦腫瘤的70%,年發生率約為5/100000,每年新發病例超過14000例,65歲以上人群中發病率明顯增高。
膠質瘤的死亡率高,據文獻報道,中國膠質瘤年發病率為3-6人/10萬人,年死亡人數達3萬人。
雖然發病率和死亡率,相較于其他腫瘤并不高,但是據柳葉刀子刊《神經病學》(Neurology)研究文章顯示,大規模腦腫瘤統計發現,在范圍內,中國的發病及死亡人數雙雙較高。
在2019年V3版的NCCN指南描述,針對Gliomas主要有以下幾類生物標志物,依次為:IDH1和IDH2突變、1p19q LOH、MGMT基因的甲基化、ATRX的功能缺失突變、TERT突變、H3F3A突變、BRAF突變和融合、RELA 融合突變、EGFR 跳讀和EGFR的擴增。
IDH1和IDH2基因
IDH1和IDH2的突變,會造成D-2-hydroxyglutarate的表達異常,常見的IDH1突變是R132H,推薦IHC檢測,如果是陰性的話,建議對IDH1和IDH2全部測序(sanger or NGS)。
科佰生物提供一系列IDH1和IDH2 mutaion的標準品,產品陸續增加中:
1p19q LOH
臨床發現不平衡的易位(1;19)(q10;p10)導致整個1p和19q臂的缺失,與IDH的突變密切相關,1p19q LOH和IDH的突變,對臨床給藥都有明確的幫助。
1p19q LOH標準品,正在研發中。
MGMT promoter的甲基化
MGMT是一個DNA修復酶,對抗一些化療藥物,啟動子區域的甲基化可以沉默MGMT基因,導致對化療藥物的敏感。
科佰生物提供的標準品,含有甲基化的詳細位點、甲基化程度。
ATRX 基因突變
ATRX是染色體調整蛋白,突變導致的功能缺失會導致ALT(端粒延長替代),臨床可用IHC和測序來檢測。
科佰提供一系列ATRX的Pathogenic的標準品。
TERT啟動子區域突變
TERT是編碼端粒酶的催化激活位點,維持細胞分析時端粒的正常長度,TERT的突變發生在非編碼區的啟動子區域,突變提高了TERT的表達,對臨床給藥和預后都有很大的指導意義。
H3F3A Mutation
常見的Histone突變是K27M,抑制了H3.3的*基化,其次是G34的突變,在兒童大腦皮層神經膠質瘤也常見。因此臨床往往是選擇測序,同時能檢測K27M和G34。
H3K27M和H3G34標準品,正在研發中。
BRAF突變
BRAF突變,尤其是V600E在很多腫瘤中,都能看到,在膠質瘤中,也同樣重要。另外BRAF的fusion也建議被檢測,可以檢測常見的KIAA1549基因。
BRAF-KIAA1549 Fusion標準品,正在研發中。
RELA Fusion
在兒童上皮神經膠質瘤常見RELA的融合突變,RELA的融合導致NFkB信號通路活化,常見的融合伴侶是C11orf95。
C11orf95-RELA Fusion標準品,正在研發中。
EGFR 跳讀和EGFR的擴增
雖然在NCCN指南中沒有提及EGFR VIII和EGFR CNV的分子標記,在臨床中的作用,但是EGFRvIII是GBM中常見的EGFR突變,在約60-70%EGFR擴增的原發性GBM腫瘤中發現,并且是實驗療法的潛在靶標。
綜上,按照NCCN的指南,按照臨床的藥物,按照伴隨診斷的需求,科佰生物開發了針對神經膠質瘤(Glioma)的各種參考品、標準品,適合不同的應用,滿足不同客戶的需求。
標準品選擇好了,接下來就是做性能評價,讓我們先學習下指導原則,對于性能評價的規定。
詳見《從《指導原則》中分析參考品盤設計》。